Akatsuki

Liderada por Pein, depois revela-se que o criadores da organização foram Madara Uchiha e o proprio Pein, a Akatsuki é formada por Missing-nins com classificação S, shinobis poderosos e perigosos que abandonaram suas vilas natais, ou que foram expulsos. Essa organização tem por meta a coleta de todos os Bijuu's, criaturas compostas unicamentes de Chakra. Inicialmente o número de componentes era de dez ninjas, porém seu número de integrantes acabou por ser reduzido com a morte, e fuga da organização, de Orochimaru, e também pelas mortes de Hidan, Kakuzu, Deidara, Itachi Uchiha e Akasuna no Sasori, sendo este último substituído por Tobi.